במהלך המשפט נוספו לכתב האישום גם סעיפים רבים בדבר הלבנת הון והונאת בנקים אך ההגנה הפריכה את רוב סעיפי האישום.
לאחר שההגנה הפריכה את סעיפי האישום, התביעה התביישה לשחרר את רובשקין בלי להרשיע אותו בכלום (מכיון שעשו מהפשיטה הגדולה רעש וצלצולים). והתחילו לנבור בחשבונות המפעל, וגילו שכשרובשקין קנה בקר מהספקים הוא לא שילם להם מיד, אלא שילם להם לאחר זמן. וזה נוגד איזושהי פיסקה קטנה בחוק.
וכשהתביעה גילו זאת, הם ישר קפצו על המציאה וניפחו זאת למימדים ענקיים והוסיפו גם את העובדה שרובשקין לווה כספים מהבנקים ועדיין לא החזיר (עקב המעצר ופשיטת הרגל של המפעל) וכך יכלו להאשימו בהונאת בנקים.
במהלך המשפט התלוננה הסנגוריה מספר פעמים על כך שחבר המושבעים ואף חלק מהשופטים הינם גויים אנטישמיים שמחפשים להצר את צעדיו של רובשקין, ושמחים על ההזדמנות לסגור את מפעלי הבשר הכשר.