חומש תורה תמימה – הבדלי גרסאות

סביב המחבר ופירושו נמתחה ביקורת המתמקדת בעיקר בחוסר הדיוק שבליקוט מאמרי חז"ל. כשלטענת המבקרים הם מועתקים בספרו עם שיבושים רבים שלעיתים גורמים לשינוי מהותי בהבנת הדברים. ישנם הטוענים כי המחבר השתייך ל[[תנועת ההשכלה]], ושבפירושו הכניס במכוון סילופים בדברי חז"ל.  

במאמרו של [[יהושע מונדשיין]], חוקר חב"די, נאספו ראיות לסילופים בפירוש "תורה תמימה", ולאי-אמינותו של המחבר אף בספרו "מקור ברוך", בסיפוריו אודות חסידי חב"ד בכלל ואדמו"ר הצמח-צדק בפרט.{{הערה|1=[http://www.shturem.net/index.php?section=artdays&id=785 "מקור ברוך" – מקור הכזבים, [[יהושע מונדשיין]], י"ד באלול תשס"ו] {{שטורעם}}}} במאמר תגובה מאת איתם הנקין,{{הערה|חוקר לא חסידי, צאצא תלמידו של רבי יחיאל מיכל עפשטיין, בעל "ערוך השולחן", אביו של ה"מקור ברוך".}} נטען לאמינות סיפור מפגש אביו של בעל ה"מקור ברוך"{{הערה|רבי יחיאל מיכל עפשטיין, בעל "ערוך השולחן".}} עם אדמו"ר הצמח-צדק, וכי על אף הבעיות בחיבוריו של המחבר לא ניתן לפסול אותם באופן קטיגורי, אלא יש לבור בהם את המוץ מן התבן. כראיה לשיטתו אודות אמינות המחבר, טוען החוקר שישנה אי-הלימה בין אי-אמינות מוחלטת, כזו הנטענת במאמרו של מונדשיין, לבין שיטתם של רבותינו נשיאינו, שראו בספרו האחר של המחבר, פירוש "תורה תמימה", ספר שראוי להגות בו.{{הערה|ר' יחיאל מיכל עפשטיין ו'הצמח צדק' בעדשת הספר 'מקור ברוך', {{היברובוקס דף|איתם הנקין|עלוני ממרא גיליון מספר 123|49203|חורף תשע"א, ישיבת ניר, קרית-ארבע|189}}}}.