אדמו"ר הצמח צדק היה מעביר אליו את ענייני הנגלה: דיני תורה, הסכמת רבנים, שאלות בנגלה וכדומה. כנראה חלק מהתשובות בהלכה שנכתבו בשו"ת צמח צדק, נכתבו על ידו, בעיקר בשנותיו האחרונות. באותו זמן הוא גם עמד בראש הישיבה שנוסדה בליובאוויטש בשנת ה'תר"א והתקיימה כעשר שנים. באותו זמן עסק גם באמירת דברי חסידות ([[דא"ח]] - בלשון חסידי חב"ד), כשאר בניו של הצמח צדק.
עם פטירת אביו לאחר [[הסתלקות]] [[אדמו"ר הצמח צדק]] נשאר המהרי"ן מספר שנים נוספות שנתיים בליובאוויטש, ולבסוף ובסוף שנת תרכ''ח נתמנה כרב בעיר ניעזין (Nizhyn), מקום מגורי חותנו, ומקום קבורת סבו האדמו"ר האמצעי, ועבר לשם ושם שימש גם כאדמו"ר לחלק מחסיד חב"ד שהתפצלו בין בניו של הצמח צדק באותה תקופה תחת השם "חבד" - ניעז'ן". ביחד עם גיסו עמד בראש הישיבה בניעזין, שהתקיימה כחמישים שנה, והוציאה רבנים ידועים שכיהנו ברבנות ברחבי [[רוסיה]], כמו הרב יהודה לייב צירלסון מקישינב. שימש גם כאדמו"ר לחלק מחסיד חב"ד שהתפצלו בין בניו של הצמח צדק באותה תקופה. לאחר [[הסתלקות]] [[אדמו"ר הצמח צדק]] נשאר שנתיים בליובאוויטש ונהג בנשיאות כ[[אדמו"ר]] תחת השם "חבד" - ניעז'ן". הוא היה בנו האחרון של הצמח צדק שנותר בחיים. בסוף שנת [[תרכ"ח]] עבר לעיר [[ניעז'ין]], שם נהג בניעזין בנשיאות כחמש עשרה שנה, עד [[הסתלקות]]ו ב[[י"ז ניסן תרמ"ג]] ומנוחתו כבוד בעיר ניעז'ין ב[[אוהל]] סבו אדמו"ר האמצעי.