הרב נפתלי רוט נולד בירושלים בשנת תרצ"ט למשפחה של חסידי פולין. כשגדל התקרב לחסידות חב"ד. זכה שהרבי יכנה אותו במכתב הראשון "בעל מרץ".
הרב רוט נחשב למנחה ידוע בחסידות, ובעל כשרון מיוחד לחישוב גימטריות.
כיהן במשך השנים כמנהל בית הספר חב"ד 'ברזיל' בירושלים וסגן מנהל תלמוד תורה תורת אמת חב"ד בירושלים.
הוא מכהן כיו"ר צעירי אגודת חב"ד בירושלים, יו"ר המרכז חינוכי חסידותי וחבר הנהלת צעירי אגודת חב"ד בארץ הקודש.
כמו כן הוא משמש כרב קהילת חב"ד בשכונת מטרסדורף בירושלים.
זכה למינוי מיוחד מהרבי כ"איש שלו" בישיבת חברון בתקופת לימודיו בישיבה.