הרב נפתלי רוט נולד בירושלים בשנת תרצ"ט, היה ממשפחה של חסידי פולין והתקרב לחסידות. זכה שהרבי יכנה אותו במכתב הראשון "בעל מרץ".
הוא נודע כמנחה גדול ובעל כשרן לחשב גימטריות בין רגע, כלל אנ"ש זוכרים את קריאת היחי אדוננו מורנו ורבינו מלך המשיח לעולם ועד! האדירה שפרצה מפיו בכינוס באולם הסינרמה בתשנ"ג.
כיהן במשך השניםכמנהל בית הספר חב"ד 'ברזיל' בירושלים וסגן מנהל ת"ת תורת אמת חב"ד בירושלים.
הוא מכהן כיו"ר צעירי אגודת חב"ד בירושלים, יו"ר המרכז חינוכי חסידותי וחבר הנהלת צעירי אגודת חב"ד בארץ הקודש.
כמו כן הוא משמש כרב קהילת חב"ד בשכונת מטרסדורף בירושלים.
זכה למינוי מיוחד מהרבי כ"איש שלו" בישיבת חברון בתקופת לימודיו בישיבה.