בד בבד עם פעולות אלו היתה לו שליחות מחתרתית נוספת שהייתה כרוכה בסכנות לא פחותות מהעבודה החינוכית. הוא היה מאתר [[מקוה|מקוואות]] בערי [[רוסיה]] הלבנה, את הטעונים תיקון הוא היה מתקן ואת הנעולים הוא היה פותח מחדש. את כל זאת עשה ר' משה במסווה של מפקח מטעם משרד הבריאות של הממשלה. דבר זה היה כרוך בסכנת נפשות גדולה, והיה על ר' משה תמיד למהר ולברוח מהעיר, לפני שמעשיו יתגלו.
[[קובץ:משה אקסלרוד 3.jpeg|שמאל|ממוזער|250px|הרב אקסלרוד בסידור קידושין]]
אדמו"ר הריי"צ התבטא עליו: "וואלט איך געהט עטלאכע מוישע'ס וואלט איך איבערגיקערט רוסלאנד" (=באם היו לי כמה מוישה הייתי הופך את רוסיה). כשנודע לאדמו"ר הריי"צ שהשלטונות המרכזיים ב[[רוסיה]] עלו על תחבולותיו של ר' משה והם מבקשים את נפשו, הודיע לו הרבי שיעשה כל מאמץ ובלבד שיעזוב את רוסיה.