ג' תמוז תשנ"ד

במוצאי שבת, ליל ג' בתמוז תשנ"ד (12 ביוני 1994) לאחר חצות הלילה, הסתלק הרבי מליובאוויטש .

בהלוויה השתתפו יותר ממאה אלף איש^{[דרוש מקור]}, בהם אדמו"רים, רבנים ואישי ציבור, כמו ראש עיריית ניו יורק, מושל המדינה, סנאטורים, ראש האופוזיציה בנימין נתניהו ושגריר ישראל באו"ם גד יעקובי. הרבי מלובביץ' נקבר בסמוך לחמיו בבית הקברות היהודי "מונטיפיורי" בקווינס שבניו יורק, בארון קבורה שנבנה מהסטנדר והשולחן שעליהם התפלל ואחד משולחנות הלימוד בישיבה. כיוון שהרבי מלובביץ' לא הותיר אחריו ילדים, אמרו המזכירים שלו קדיש יתום.

למחרת הפטירה הקדישו לה שניים מהעיתונים הגדולים של ניו יורק, ה"דיילי ניוז" וה"ניו יורק פוסט", את עמוד השער תחת הכותרת המשותפת "SEA OF GRIEF" (בעברית: "ים של אבל"). עם היוודע הפטירה, ראש הממשלה יצחק רבין הוציא הודעה: "ראש הממשלה ושר הביטחון משתתף בצערה של משפחתו של הרבי ובצערה של קהילת חב"ד, עם פטירת הרב מנחם מנדל שניאורסון, זכר צדיק לברכה. פטירתו של הרבי היא אבידה לעם היהודי כולו. הלך לעולמו תלמיד חכם גדול, מנהיג דגול, מגדולי המעש למען יהודי העולם וקהילות נידחות". יומיים לאחר מכן קיימה הכנסת דיון לרגל פטירת הרבי והחליטה על אספת מליאה מיוחדת ביום השלושים.

פטירתו הביאה לפילוג בקרב חסידיו. אנשי הזרם המשיחיסטי בחב"ד סבורים כי פטירתו לא הייתה אלא אשליה וניסיון. הם ממשיכים לכנותו בתואר השמור לאנשים חיים "שליט"א" (שיחיה לאורך ימים טובים אמן).