בעקבות היבחרו של הרב [[שלמה גורן]] לתפקיד הרב הראשי לישראל ונשיא בית הדין הגדול, התעוררו בינו לבין הרב אלישיב פולמוסים הלכתיים, ובעקבות כך פרש מבית הדין. עם זאת, הורה לאחרים שלא לפרוש מהרבנות במקום שלא נבחר מועמד אחר ראוי למלא את מקומם.
בשנת משנת [[תשס"ב]] החל לשמש כמנהיג הציבור הליטאי לאחר פטירת המנהיג הקודם.
== קשריו עם חב"ד ==