נולד ב[[לנינגרד]] ב[[ב' טבת]] [[תרצ"ח|תרח"צ]] לאביו הרב [[משה ששונקין (הראשון)|משה ששונקין]] ולאמו מרת איטה. בילדותו, נלקח אביו בפתאומיות על ידי [[המשטרה החשאית]] באשמת הפצת יהדות ולא נודעו עקבותיו.
עם פרוץ [[מלחמת העולם השניההשנייה]] ברחה משפחת ששונקין ל[[סמרקנד]], שם גדל במחיצת סבו, הרב [[נחום שמריהו ששונקין]], עם סיום המלחמה בשנת [[תש"ו]] יצאה משפחת ששונקין את גבולות רוסיה במסגרת [[יציאת רוסיה תש"ו|הבריחה הידועה]], והגיעו לצ'כוסלובקיה.
על מנת להמשיך ולעבור את הגבול לארצות החופש, היה צורך לגנוב את הגבול לכיוון [[פולין]], ולצורך כך השתמשו במבריחים מנוסים, שקיבלו כסף עבור משימת ההברחה.