מחלקת ישיבת תומכי תמימים בעיר לנינגרד נפתחה בחורף שנת תרפ"ט, והיא התקיימה בה רק שנה אחת – עד חורף שנת תר"צ, שאז נאסרו כמה מן התלמידים ו"המשפיע" הרה"ת ניסן נמנוב ונשלחו לגלות של שלוש שנים.
בשלהי חורף תרצ"א, לאחר סגירת ישיבת תומכי תמימים וויטבסק הגיעה קבוצה נוספת של תלמידים ללמוד בלניגרד ואז התקיימה הישיבה עד קיץ תרצ"ב, שאז הורה כ"ק אדמו"ר הריי"צ נ"ע, לתלמידים להשתדל לצאת מרוסיה.