ברכותיו של הרבי פעלו את פעולתם, ולאחר בקשות ברכה רבים, קיבלה חמותו בחודש אדר [[תשל"א]] הוראה מהרבי שיגישו מייד בקשה ליציאה מברית המועצות, והם קיבלו היתר יציאה באופן פלאי. בחודש ניסן של אותה שנה עלו לארץ הקודש.
מספר ימים אחר עלייתם עם עלייתו ארצה הציעו לר' נפתלי לעבוד באוניברסיטת בן-גוריון ב[[באר שבע]]. במקביל להצעת העבודה הציעו לו מגורים בישוב 'עומר' ליד באר שבע, שהוקם באותם ימים עבור אנשי מדע ועובדי האוניברסיטה.או לעבוד באוניברסיטה העברית בירושלים ומגורים בשכונת סנהדריה בירושלים, אך הוא הודיע כי קודם כל הינו חסיד של הרבי ורק לאחר מכן איש מדע ובהוראת הרבי עליו להתיישב בשכונת [[נחלת הר חב"ד]] שב[[קרית מלאכי]] ובחירוף נפש נסע לעבודה באוניברסיטה בבאר שבע עשרות שנים במשך שעות מידי יום על מנת לקיים את ההוראה של הרבי. למרות מעמדו הרם באוניברסיטה כפרופסור בכיר, היה נוסע לעבודה מידי יום בתחבורה ציבורית וזאת כדי להספיק ללמוד חת"ת ורמב"ם ועוד שיעורי תורה רבים בנגלה ובחסידות שלמד מידי יום בלכתך בדרך. תפקידו הרם כפרופסור באוניברסיטה בשילוב הנדיר של הופעתו החסידית ומידותיו האציליות קידשו שם שמים ושם ליובאוויטש ושינו לחלוטין אצל רבים מהצוות והסטודנטים את התדמית השלילית על שומרי תורה ומצוות, רבים מהם אף העידו כי התעוררו על ידי כך לחזרה בתשובה וקיום תומ"צ.
היה בעל קבלת עול נדירה בשמירת תומ"צ ללא פשרות, ולהמחשה, כאשר הגיע לארץ שאל את המד"א של נה"ח הרב יצחק יהודה ירוסלבסקי האם מותר להשתמש בארץ בחשמל מאחר ועובדי החשמל הינם יהודים המחללים שבת בייצור החשמל, הרב ענה לו כי הדבר מותר רק בדוחק גדול ולכן מהשבת הראשונה לא הופעל אצלו כל מכשיר חשמל ותאורה עד ליומו האחרון וזאת למרות שכל שכניו תושבי נה"ח הסתמכו על היתרים והשתמשו בחשמל בשבת.