===שלימות הארץ===
הרב אליהו התנגד למסירת שטחים מארץ ישראל תמורת "שלום" עם הערבים. על [[תוכנית ההתנתקות]] התבטא הרב אליהו "היה לא תהיה" ואמר ש"זו גם תפילה וגם בעז"ה קביעת מציאות". הרב אליהו קרא לסרב לפקודת גירוש יהודים מגוש קטיף{{הערה|1=[http://old2.ih.chabad.info/index.php?url=article_he&id=11979 מכתב מהרב אליהו: אסור על פי תורה להשתתף בגירוש] - [[חב"ד אינפו]]}}. כמו כן, היה חבר בנשיאות [[קונגרס הרבנים למען השלום]].
====תפילתו====
==תפילתו==
הייתה לו תפילה לפני ישיבתו בבית דין להורות וזו נוסחתה, וכן ראוי לכל מורה הוראה ודיין לאומרה;
"ריבונו של עולם, גלוי וידוע לפניך שלא על דעתי עמדתי לשרת עם קדושיך, לדון ולהורות. ידעתי מיעוט ערכי - מך שבערכין. לא ביקשתי נפלאות ממני, אך כך הורו לי רבותיי וכך גלגלת כל הגלגולים, וסיבבת כל הסיבות. הקימות מעפר דל ותעש לי שם, כשם הגדולים. גזרה חוכמתו, יתברך ויתעלה שמו, לשרת עם קודש, להורות ולדון, ועל הכל יתברך שמו ויתעלה.
"אך רעדה אחזתני, יראה ורעד יבוא בי, על הסכנה הנוראה העומדת עליי, ופי תהום הפעור לנגדי. וברעות נפשי לקטלא נפיק, כי בשר אני ולא אדע, על כן זחלתי ואירא. אנא אפנה לעזרה ואנא אברח, אבל בטחתי ברוב חסדך, אפיל תחינתי לפניך כי אתה שומע תפילה. אנא השם, אלוהי הרוחות, חוס ורחם על כל יושבי כיסאות למשפט, ובפרט עלי, (אני עבדך בן אמתך, מרדכי בן מזל). רחם עליי ותן לי לב שומע ודעת להבין לשפוט את עמך.
"חוננו חוכמה בינה דעת והשכל. שלא נאמר על טהור - טמא, ועל טמא - טהור, על מותר - אסור, ועל אסור - מותר. על זכאי - חייב, ועל חייב - זכאי. ותצילנו מכל שגיאות וטעויות, ויהא ליבי חזק ואיתן להוכיח כל עושי עוול, ולהציל עשוק מיד עושקו. ואל יישאנו יצרנו להעלים עין, חס וחלילה, ותזכנו לגדור פירצות ולהתקין תקנות ולהרביץ תורה, שיהא שם שמיים מתקדש על ידינו. ותהא אימתנו מוטלת על הבריות, ותורתנו חקוקה בלבם ונתרחק מן הגאווה והכעס והקפדנות. ותאזרנו חיל לשפוט את עמך. גל עיני והביטה נפלאות מתורתיך".
==ציטוטים על הרבי==