שינויים

בעקבות ההחלטה על תוכנית ההתנתקות התפלל פעמים רבות שההתנתקות לא תתגשם - התבטא הרב אליהו "היה לא תהיה", וכשהעלו תמיהות בקשר לכך הוסיף: ואמר ש"זו גם תפילה וגם בעז"ה קביעת מציאות". בנו, הרב שמואל אליהו בהתחלה הבין את דבריו בתור נבואה וכמו שהתבטא: "איני יודע מהיכן אבא יודע את דבריו, אבל אבא אומר שהתוכנית לא תתקיים וכך יהיה". דברים מפורשים אלו נכתבו במפורש בעיתון "בשבע" ובעלוני פרשת השבוע. וכן רבים הבינו שזה נבואה, אם כי לאחר ששאל הרב שמואל אליהו את אביו: "האם זו נבואה? והוא ענה לי: לא". קרא לסרב לפקודת גירוש יהודים מגוש קטיף{{הערה|בראיון לקראת [[ראש השנה]] [[תשס"ו]], בעיתון "מעייני הישועה", חזר הרב אליהו והסביר שהוא עומד בדעתו על החובה להימנע מביצוע הפקודה. הרב הסביר שוב, שחייל שמוצב בסיטואציה כזאת "שיגיד אני לא יכול, לא יכול", ועוד: "הייתי אומר שהחיילים כולם צריכים ללכת למפקד הצבא ולהגיד לו - 'זה לא מוסרי, ועד שיביאו פסק מהרבנות הראשית לישראל שאנחנו נקיים את פקודת הגירוש - אנחנו לא נבצע את הפקודה'"}}.

הרב אליהו הוא היה רבו של המרגל הישראלי יונתן פולארד ומשתתף והשתתף במאבק לשחרורו, ואף ביקר אותו בכלאו ביקרו בכלא שב[[ארצות הברית]] מספר פעמים.