בקהל חסידים מקובל בדרך-כלל שאין אומרים את תפילת "יום-כיפור קטן" בערבי ראשי-חדשים. אך יש האומרים סדר זה בערב ר"ח ניסן, ויותר מהם שאומרים אותו גם בערב ר"ח אלול.

ומנהג חב"ד הוא, שלעולם אין אומרים סדר "יום-כיפור קטן". האומרים בערב ראש חודש ניסן.

יש נוהגים להתענות ולומר סליחות בערב ראש-חודש הקרוי “יום כיפור-קטן”, ובכך מתקנים את כל ימי החודש.