הרב שמואל נולד בתחילת שנות הנונים לאביו המחנך הנודע הרה"ח זלמן לייב מארקאוויטש שליט"א.
עוד בבחרותו כשלמד בישיבת תומכי תמימים חולון הוא היה בקי בש"ס וכל הפוסקים וכל תורת כ"ק אדמו"ר שליט"א מה"מ.
בהגיעו לגיל חתונה, נשא את רעייתו בת הרב שמואל חיים בלומינג.