בד' סיוון תקנ"ח, הירש בן דוד מווילנא מגיש מלשינות נגד רבינו הזקן, אשר כאילו רבינו הזקן קושר קשר, מאסף צעירים פורקי עול, מסייע למהפכה הצרפתית, חסידיו חיים חיי פאר והוללות וללא מסגרת חוק, גונבים וגוזלים וכו', ולכן מייעץ לקיסר להגלותם לערבה. יומיים אחרי זה בעיצומו של חג השבועות הגיש המלשין מלשינות נוספת נגד שלטונות העיר ווילנא (הכתיבה בעיצומו של חג השבועות, צורת החתימה העברית המעוותת מורים, לכאורה, שהמלשין לא היה יהודי) וביום י' אלול תקנ"ח נפתח התיק נגד רבינו הזקן והגנרל-פרוקורור מגיש את המלשינות אל הקיסר.

ביום י"ג אלול הורה הקיסר לברר את תוכן המלשינות ובט"ו אלול הודיע הגנרל-פרוקורור אל המושל האזרחי של ליטא, את הוראת הקיסר, לברר את הנושא. ביום כ"ט אלול המליץ המושל האזרחי של ליטא לקחת את רבינו הזקן לחקירה, ויחד אתו גם את ראשי עדת חסידיו אשר בליטא.