הרב רפאל הכהן נולד בשנת תרמ"ט בגרמנוביץ' (פלך וילנא גליל דיסנא), לאביו הרב שניאור זלמן חיים הכהן מקריסלווא.

למד בישיבת תומכי תמימים ליובאוויטש, וגם כמה שנים אצל הרב מענדל חן מניעזין, וקיבל ממנו סמיכה לרבנות.

היה נקרא בפי אנ"ש – ולא רק אנשי עירו: "ר' רפאל דער רב" (הרב).

רבנותו הראשונה

כהונת הרבנות הראשונה שלו היתה באוסוויאט (פלך ויטבסק) – בשנת תרע"א – כממלא מקומו של חותנו הרב יואל דוידזון, שבאותה שעה היה חולה ונפטר כעבור תקופה קצרה. חתונתו עם מרת שרה וקבלת הרבנות, באו כאחד.

כעבור זמן לא ארוך קיבל את הרבנות בשצעדרין ושם כיהן במשך עשר שנים.

בשנת תרפ"ב נבחר לרבה של נעוועל, למלא את מקומו של הרב יחזקאל פייביש ניימרק (ר' רפאל והרב מוועליז נותרו אחרונים מבין המועמדים הרבים, ואדמו"ר הריי"צ בחר את ר' רפאל).

היתה זו התקופה הקשה שלאחרי המהפכה והתחלת הרדיפות על הדת, והרב רפאל המשיך להתעסק בהחזקת היהדות בעירו וגם בסביבתה.

בהמשך נאלץ לברוח מנעוול, ועסק בהרבצת תורה בישיבות חב"ד המחתרתיות.

בתשרי תרצ"ד הצליח לצאת מרוסיא ללטביא, וכבר בתחילת טבת יצר עמו אדמו"ר הריי"צ – שכבר היה אז בוורשא – קשר מכתבים, וביקש לשמוע ממנו אודות רוסיא (אגרות קודש אדמו"ר הריי"צ, חלק יא, עמוד תיג).

רב בריגא

באדר ב' תרצ"ה נבחר הרב רפאל על-ידי פרנסי ריגא לכהן במישרת מורה הוראה, וכרבם של החסידים.

בשנת תרח"ץ ערך הר"ר רפאל לדפוס את הקונטרס "אמונה וזכירה", ואדמו"ר הריי"צ כתב לו מכתב "הסכמה": כללות הענין אמת ויציב, וראוי לבוא בדפוס.

במכתב אל הרב יצחק הלוי הורביץ ("ר' איטשע מתמיד"), מחודש כסלו תש"א, כתב אדמו"ר הריי"צ שמכתבים רבים אליו ואל מחותנו [הרב רפאל] אבדו ולא הגיעו לייעדם.

ביאורים שכתב

בחוברות "התמים" שהופיעו באותן שנים – במדור "שערי חסידות" – נתפרסמו כמה ביאורים מפרי עטו של הרב רפאל הכהן, וכולם דברי חסידות המבוססים על ה'נגלה' וההלכה; בגליון תמוז תרצ"ו וניסן תרצ"ז, ביאור במאמר דא"ח, ובגליון כסלו תרח"ץ – ביאור במדריגת ה"בינוני" וגדרי התשובה. המאמר האחרון לא נשלם, ונרשם בסופו "המשך יבוא". אך הופעת "התמים" נפסקה, בעלות הכורת על יהדות אירופה, והרב רפאל הכהן בתוכם.

רציחתו על ידי הנאצים

בי' כסלו תש"ב הועלה הרב רפאל באש על-ידי הצוררים ימ"ש, עם עוד רבים מאנ"ש (וביניהם ר' איטשע "דער מתמיד"), ב"מנין דרייסין" שבריגא, וספר-תורה בידו.