כשיצא לאור ספר ההפלאה, אותו חיבר רבי פנחס הורביץ אחיו של רבי שמלקא, ביקש הנודע ביהודה לראות את הספר, וכשראה את הגאונות הנראית מהספר, התפלא ושאל: כיצד יכול חסיד, העוסק במשך היום גם בזוהר, קבלה, תפילה באריכות, זמן לחבר חיבור כזה על תורת הנגלה? אין זה - הפטיר, - אלא שמתוך שחסידים הם תורתן משתמרת.