שיטת החקירה
בשיטת החקירה ידועים הספרים הבולטים "ספר הכוזרי" לרבי יהודה הלוי, "מורה נבוכים" להרמב"ם, "ספר האמונות והדעות" לרבי סעדיה גאון, ועוד.
מטרת שיטה זו הנה, להוכיח על פי ההיגיון האנושי את ההכרח למציאות הבורא והוכחות לקיומו, הוכחות לעיקרים ויסודות ביהדות כגון אחדות הבורא, תורה מן השמיים, אמיתות התורה שבעל-פה, ועוד.
הרקע שהניע את המחברים הנ"ל לכתוב את ספריהם הוא, שבתקופתם הבלבול וחוסר הידע הבסיסי אצל היהודים הלך וגבר. חיי היהודים, שהתנהלו בין נוצרים ומוסלמים, גררו את היהודים למחוות וויכוחים שהוכיחו עד כמה הם בורים בתורתם ודתם, מה שהוביל אצל כמה מישראל להתבולל בין הגויים, בעודם שומעים את דברי הארס וטענות השטנה שכוונו כחיצים ישירים נגד היהדות. לדידם של היהודים הפשוטים, טענות אלו היוו סתירה גמורה ליהדותם. בזמן זה, שינסו את מותניהם ונטלו על עצמם - כל אחד בתקופתו ובמקומו הוא, להיות הלוחמים את מלחמת ה', ולהשיב היטב למנאצים בדרכם הם: באמצעות השכל וההיגיון האנושי.
ספרי שיטה זו, הבנויים כשכליים ופילוסופיים, מלמדים את מחשבת ישראל על ידי ראיות איתנות ומוצקות, שנקלטים בבהירות מושלמת למוחו של הקורא, המוצף בן רגע בתשובות בנויות היטב לתהיותיו וקושיותיו. וכך, בהתעמתות ישירה עם הטענות הפילוסופיות הבאות מחוסר ידע בסיסי, הם מחזקים ויוצקים כוח במוחו של כל יהודי להשיב כראוי לטוענים עליו, מתוך בטחון גמור שתורתו, תורת ישראל, היא תורת האמת. יחד עם זאת, הם אף מתייחסים לפולמוס הדתי שבין היהדות לשאר הדתות.
ספרים אלו נקראים כעוסקים בשיטת ה"חקירה", משום שמטרתם היא לחקור ולחתור לאמת, ואכן כשמם כן הם.
ה"התנגשות" של שיטה זו בשיטת החסידות היא, שספרים אלו הוכיחו והגיעו למסקנה שיש בורא לעולם - על ידי שכל בלבד. תורת החסידות מסבירה שתכלית עבודת ה' האמתית היא כאשר תהא למעלה מהשכל, מתוך אמונה פשוטה ותמימה. הדברים מגיעים עד כדי שאפילו המצוות ההגיוניות והמובנות בשכל אנושי, צריכות להתקיים - על פי החסידות - מתוך כך שאלוקים הוא שציווה לקיימם, ולא מתוך כך שהשכל מכריח לקיימם, וזאת משום, שאם מצוותיו של היהודי ייתלו בשכלו, עלול שכלו להובילו למסקנות הפוכות מן היהדות. אך אם לא ייתלה בשכלו, אלא יעבוד את בוראו מתוך אמונה, ממילא שכלו לא יכול להפריעו.
לפיכך, שיטת החקירה, שכל מהותה שכל והיגיון, אינה עומדת על דרישת החסידות, לפיה הכל צריך להיות למעלה מן השכל.
אך למרות כל זאת, אדמו"ר הצמח צדק כתב ספר המסביר את החקירה על פי החסידות בשם דרך אמונה (ספר החקירה). במשך שנים נמנעו החסידים מללמוד בו, בפשטות מצד הטעם הנ"ל. אך בתשס"ג יו"ל הספר מחדש.
לעומת זאת, ישנה התייחסות מהרבי לפיה משמע שיש ללמוד חקירה, וזאת משום שבזמננו אנו נקלעים בחורים למקומות שבימים עברו לא היה שייך שייקלעו למקומות אלו - לכן בעבר לימוד תורת המוסר והחקירה לא היו נצרכים בכמות מרובה, או שכלל לא נצרכו. אך בדורנו, אין זה נדיר שבחור יכנס לבלבול ביהדותו, כתוצאה מכך שנפגש בטענות כנגד היהדות. על מנת שיהדותו תהא מוצקה וללא ספיקות, ראוי שילמד את שיועיל לו בכך.