[[קובץ:התכתבות הרב הוטנר עם הרבי.png|ממוזער|אחד מסדרת המכתבים שכתב הרב הוטנר בשאלה אל הרבי בנוגע לשאלה לגבי הכוונה בזמן הנחת התפילין שנעשת על ידי [[מבצע תפילין]]]]
התכתבות ענפה של עשרות מכתבים היתה לרב הוטנר עם הרבי,שאלות בהלכה, בקבלה ובחסידות.
רבי יצחק שלח לרבי ארבעה מכתבים, על אודות [[מבצע תפילין]] שהרבי עורר. רבי יצחק טען במכתבו, כי היות ונפסק בהלכה ש[[מצוות]] צריכות כוונה, ובפרט במצוות [[תפילין]] בה נכתב הטעם בתורה, ובה מודים כולי עלמא שהכוונה בה מעכבת - כמו במצוות [[ציצית]] ו[[סוכה]], על כן מה בצע בהנחת [[תפילין]] ליהודים שאין להם מושג מה כתוב בפרשיות אלו.