רמב"ם מהדורת פרנקל – הבדלי גרסאות

הרבי הרבה להשתמש במהדורה זו, ואף מציין במספר רב של מקומות לנוסחאות שנאספו ברמב"ם מהדורת הרב שבתי פרנקל.<ref>ראה לדוגמא: לקוטי שיחות חלק ל"א שיחה א' לפרשת שמות הערה 12. חלק ל"ג שיחה לבין המצרים הערה 5. חלק ל"ז שיחה לפרשת אחרי שוה"ג להערה 4 ולהערה 12, הערה 22 ו-23.</ref>

כאשר היה הרב שבתי פרנקל אצל הרבי{{מקור}}, הרבי שאל אותו למה לא התחיל בספר המדע, ספר הראשון ביד החזקה?{{הערה|ניתן להסביר זאת כחלק משיטת הרבי (על פי דברי הרמב"ם עצמו), שצריך ללמוד ספרו על הסדר, החל מהלכות יסודי התורה שהם הקדמה לכל התורה, וכוללים עניני פנימיות התורה.}} ענה הרב פרנקל, שאין מפרשים על ספר המדע לרמב"ם, הרבי הביע על כך תמיהה גדולה.