זמן קצר לאחר שעלה על כסא הממשלה הוא בגד בתנועת חב"ד, והמשיך ב"מסירת השטחים" שהחלו קודמיו (הסכמי "וואי") ובעקבות כך הכריזו רבני חב"ד על התנערותם המוחלטת מתמיכה במפלגתו{{הערת שוליים|1=[http://chabad.info/newvideo/video.php?id=1609 כשחב"ד הפילו את נתניהו], נאומו של הרב [[מרדכי שמואל אשכנזי]] {{וידאו}}.}}. בשנת [[תשס"ה]] התפטר שרון מתפקידו כיושב ראש [[מפלגת הליכוד]] לטובת הקמת מפלגת קדימה, ונתניהו החליף אותו בהנהגת המפלגה.
בשנת [[תשס"ט]] נבחר שוב לראש ממשלה מטעם מפלגת הליכוד, ולקראת הבחירות שהתקיימו בשנת [[תשע"ג]] רץ ברשימה מאוחדת יחד עם מפלגתו של חבר הכנסת [[אביגדור ליברמן]], תחת השם "הליכוד ביתנו", ונבחר שוב לכהונת ראש הממשלה, והקים את הקואליציה בשיתוף עם מפלגתו של [[יאיר לפיד]] ו[[נפתלי בנט]], בשנת [[תשע"ה]] בבחירות לכנסת העשרים התמודד נתניהו כנגד מפלגת העבודה בראשות בוז'י [[יצחק הרצוג]], לבסוף הוביל נתניהו את מפלגת הליכוד לניצחון וזכייה ב-30 מנדטים, בבחירות לכנסת העשרים ואחד בתשע"ט התמודד מול מפלגת כחול לבן בראשות בני גנץ , וגם הפעם ניצח שוב עם 35 מנדטים.
==קשריו עם הרבי==