בצעירותו למד אצל רבי [[משה איסרליש]] (הרמ"א), ואצל רבי [[שלמה לוריא]] (המהרש"ל) במדינת [[פולין]]{{הערה|הרמ"א היה רבה וראש ישיבתה של העיר קראקא, והמהרש"ל של לובלין.}}.
לאחר [[נישואיו ]] חזר לעיר הולדתו פראג, וייסד בה ישיבה, אך זו לא החזיקה מעמד זמן רב בעקבות גירוש היהודים מבוהמיה בשנת ה'שכ"א. בעקבות זאת עבר רבי מרדכי להתגורר במדינת [[איטליה]].
רבי מרדכי שהה באיטליה כעשר שנים, בערים מנטוכה וונציה, ובשנת ה'של"ב חזר ל[[פולין]]. בשנת ה'של"ח מונה לרבה של העיר הורודנה, בה התגורר עשר שנים, עד לשנת ה'שמ"ח אז עזב את העיר בעקבות מחלוקת שהיתה בה, ועבר ללובלין. בשנת ה'ש"נ עבר להתגורר בקרמניץ.